生物医学工程融合自然科学和工程学的理论与方法，为人类生命全周期的疾病预防、诊断、治疗和康复提供新理论和新技术。“没有全民的健康，就没有全面的小康”，功能重建、器官再生、智慧诊疗、健康生存对生物医学工程学科发展提出了严峻的挑战。本学科旨在面向国家发展大健康产业和转变经济发展方式对生物医学工程的重大战略需求，把握学科发展前沿，抢抓学科革命性变革的重大机遇，充分利用我校以组织器官诱导再生为特色的生物医学材料基础和优势，建设世界一流的生物医学工程学科。
总体目标：面向人类健康和国家重大战略需求，立足前沿探索，强化原始创新，以一流人才培养为核心，一流师资队伍建设为重点，一流科研能力提升为抓手，以成果转化和服务社会为宗旨，建成生物医学材料为特色的世界一流生物医学工程学科和国际创新创造中心。
2019年6月26日，软科正式发布2019“软科世界一流学科排名”(ShanghaiRanking's Global Ranking of Academic Subjects)。2019年排名覆盖54个学科，涉及理学、工学、生命科学、医学和社会科学五大领域。在生物医学工程专业排名中，哈佛大学以总分292.9分位列第一，四川大学以总分222.3分跻身世界第十位。